1928an sortu zen baina eskualdeko mailatan aritu zen. Gerra Zibilean taldeak jokatzeari utzi zion eta 1946an birsortu egin zen, hala ere maila apaletan aritu zen harik eta 1993an Bigarren mailan estrenatu zen arte. 11 urte egin zituen bertan eta Samuel Eto'o bera ere aritu zen Leganésen 1997-98 denboraldian Real Madrilek utzita. Garai hartan lortu zuen emaitzarik onena zortzigarren postua izan zen, bi aldiz lortu zuen gainera. 2004an maila galdu zuen.
2013-14 denboraldirako Asier Garitano entrenatzaile bergararra fitxatu zuen eta bigarren B mailan bigarren eginda igoera play-offetan lortu zuen berriz ere bigarren mailara igotzea. 2014-15 denboraldian 10. egin du eta 2015-16an Lehen Mailara igotzea lortu zuen. 2016-17ko azken aurreko jardunaldian San Mamesen lorturiko berdinketari esker maila mantendu zuen. 2017-18 denboraldian taularen erdialdean ibili zen eta Errege Kopan finalerdietara iritsi zen Real Madril bera ere kanporatuz. Finalerako txartela ordea Sevillak kendu zion etxean 1-1 berdindu eta kanpoan 2-0 galdu baitzuen. Denboraldia luze egin zitzaion ordea eta 17. postuan amaitu zuen. 2019-20 denboraldian hasieratik azkenengo postuetan sartu zen eta azken jardunaldirarte esperantza izan bazuen ere ez zuen lehen mailan mantentzea lortu.
2024an bigarren mailan txapeldun izan zen eta lehen mailara itzuli zen.
Hasierako garaietan hainbat elastiko izan zituen, nagusiki urdina eta granatea baita berdea gorria eta zuria zena. 1946an taldea birsortu zenean elastiko berdea hartu zuen baina berehala gaur egun dituen koloreak finkatu ziren.