Wikipedia

Biolumineszentzia

Izaki bizidunek argi ikusgaia emititzea (adibidez, ipurtargiak, marmokak eta zenbait onddo), entzima jakin batzuek katalizatutako erreakzioen ondorioz

Biolumineszentzia, (grezieratik bios, bizia, eta latinetik, lumen, argia) hainbat organismok sortutako argi emisioa da. Zentzu orokorrean, biolumineszentziaren erreakzio nagusiak, molekula argi emaile eta entzima bat biltzen ditu, oro har luziferina eta luziferasa izenekoak, hurrenez hurren. Energia kimikoa argi energia bilakatzen dueneko erreakzio bat da.

Photinus pyralis espezieko ipurtargia.
Ipurtargia

Aristoteles eta Plinio Zaharrak egur hezeak, noizbehinka, argia igortzen zuela konturatu ziren eta hainbat mende beranduago Robert Boyle oxigenoak argiaren sorrera prozesuan parte hartzen duela ohartu zen. Hala ere, biolumineszentzia, ez zen XIX. mendera arte behar bezala aztertua izan.

Organismo bizien artean oso hedatua dagoen prozesua da talde biologiko guztietan: bakterioak, onddoak, protistoak, arrainak, moluskuak, intsektuak, krustazeoak eta abar. Hala ere, fenomeno hau gehien bat ur sakonera handitan bizi diren animalietan ematen da.

Funtzioak Aldatu

Biolumineszentziak, funtzio desberdinak betetzen ditu taxon desberdinen artean. Steven Haddock et al. (2010) funtzio hauek deskribatu zituzten[1]: babesa, kamuflajea, dispertsio hodeia, arreta desbiderapena, harrapakinen erakarpena (maila trofikoko altuagoko organismoak abisatzeko), harrapakina erakartzea edo nahastea, bikotekidearen atentzioa lortzea.

Ikerlarientzat biolumineszentzia fenomenoa betetzen duten organismoak detektatzea, lumineszentzia eragiten duten bidezidor kimikoak edo honen funtzioa aztertzea baino askoz errazagoa da. Zenbait kasutan biolumineszentziaren funtzioa oraindik ez dago argi (Oligoketoetan adibidez). Honen adibide oso argia, Diplocardia longa bezalako espezietan animalia mugitzen denean isuritako jariakin zelomikoak argia igortzen du.[2]

Hauen artean aipagarrienak eta oinarri gehiena duten funtzioak ondorengoak dira:

Kamuflajea Aldatu

 
Zenbait txipiroiek biolumineszentzia erabiltzen dute harrapakarietatik kamuflatzeko.

Hondo ozeanikoko zenbait animalik, hala nola zenbait txipiroi espeziek, bakterioek sortutako biolumineszentzia erabiltzen dute ingurunean kamuflatzeko (harrapakarietatik babesteko). Izan ere, harrapariak harrapakinaren distira inguruneko argiarekin nahasten du.[3]  

Organismo hauek, hondo ozeanikoko argiztapenaren arabera distira erregulatzeko gai dira.

Gorteiatzea eta ugalketa Aldatu

Bestalde, zenbait espeziek, ipurtargiak esaterako, gorteiatze aldian, hau da, ugalketarako bikotea bilatzerako orduan, biolumineszentzia erabiltzen dute bikotekidea erakartzeko. Ipurtargien kasuan, adibidez, 2 sistema desberdin erabiltzen dituzte. Alde batetik, espezie batzuetan emeak argia igortzen du arra erakarriz eta beste aldetik, beste espezie batzuetan ar hegalariek igortzen dute lumineszentzia eta eme ez-hegalariek lurretik erantzuten dute.[2][4]

Harrapakinak erakartzea Aldatu

Zapo zuriak kasurako, ur sakonera handietan biolumineszentzia harrapariak erakartzeko amu bezala erabiltzen du. Honek, burutik luzatzen den luzakin zintzilikaria du, animalia txikiak erakartzeko.

Harrapatzaileekiko defentsa Aldatu

 
Photuris emea argipean (goian) eta bere berezko argipean (behean).

Biolumineszentzia erakusten duten organismoen babes mekanismoak desberdinak izan daitezke: ohartarazpena, alarma antzekoa, hodei lumineszentea (arreta desbideratzeko)...

Ipurtargien kasuan, distira saguzarretatik babesteko erabiltzen dute. Izan ere, lumineszentzia, toxikotasuna eta pozoi arriskua adietazteko erabiltzen dute harrapakariei haiek jatea arriskutsua izan daitekeela ohartaraziz.

Dinoflagelatuek era berean, harrapakarietatik babesteko erabiltzen dute biolumineszentzia. Hauek, harrapakaria detektatzen dutenean distira igortzen dute, harrapakaria maila trofiko handiagoko harrapakariekiko zaurgarriago bihurtuz.[1]

Zenbait zefalopodo, 70 txipiroi generotik gora, biolumineszenteak dira.[1] Zenbait txipiroi eta zenbait krustazeo txikiek biolumineszenteak diren nahasketa kimiko edota bakteriarrak erabiltzen dituzte, harrapakari posibleen arreta desbideratzeko edota uxatzeko, leku seguru batean jartzen diren bitartean. [1]

Komunikazioa Aldatu

 
Ekialdeko Timorreko Atauro uhartean aurkitutako tunikatu kolonial pelagikoa edo salpa pirosoma.

Komunikazioa, lumineszentziaren erregulaziorako ezinbestekoa den funtzioa da. Bakterio komunitateek igorritako argiaren intentsitatea quorum sensing izeneko prozesuaren bidez erregulatzen dute. Prozesu honetan, bakterioek zenbait molekula extrazelular jariatzen dituzte ingurunera eta molekula honen kontzentrazio altuak direla detektatzen dutenean, argia sortzen duten geneak aktibatzen dira lumineszentzia sortuz. [1]

Pirosomak, tunikatu kolonialak dira. Hau osatzen duten zooideek sifoiaren inguruan bi organo lumineszente dituzte eta argiaz kitzikatzen direnean, argia igortzen dute elkarrekiko distira koordinatu bat sortuz. Argi bidezko komunikazio honek, kolonien arteko esfortzu koordinatua ahalbidetzen du, adibidez, igerian dabiltzanean zooide bakoitzak propultsio esfortzu bat eragiten du mugimendu koordinatua sortuz. [5][6]

Argiztapena Aldatu

Biolumineszentzia itsastar gehiena berde urdin kolorekoa den bitartean, Idiacanthus atlanticus-ek distira gorri kolorekoa isurtzen du. Adaptazio honek, arrainei berain harrapakinak diren pigmentazio gorriko espezie gazteak detektatzen laguntzen die; izan ere, bestela, argiaren izpi gorriak ez dira ur zutabean sakonera horretara iristen eta hortaz, harrapakinak ez dira ikusgarri.[7]

Prozesua Aldatu

 
Raphaël Dubois

Biolumineszentziaren oinarri kimikoen lehenengo ikerketak Raphaël Dubois farmakologo frantsesari ezartzen zaizkio. 1885 eta 1892 artean bi animalia biolumineszente espezierekin egin zuen lana; alde batetik, Pyrophorus generoko ipurtargi tropikalekin eta bestalde, Pholas dactylus molusku bibalbioarekin. Horrela, ordura arte indarrean zegoen fosforoaren teoria baztertu zuen eta argiaren igorpen biologikoaren fenomenoa  oxidazio entzimatikoa besterik ez zela frogatu zuen. Oxidazioan 2 substantziek elkar eragiiten zutela ohartu zen; lehena, termoerresistentea, luziferina gisa izendatu zuena, bestearen aurrean kontsumitzen zen; bigarrenak, aldiz, katalizatzaile termosentikor bezala jarduten zuen eta honi, luziferasa izena jarri zion. [8]

Erreakzio kimiolumineszenteekin alderatuz, prozesu biolumineszenteek eraginkortasun kuantiko handiagoa dute; izan ere, prozesu kimiolumineszenteen errendimendu kuantikoa %0,001-0,1 artekoa den bitartean, prozesu biolumineszenteena %1-100 tartekoa da, eta azken hauetan entzimek dute rol garrantzitsuenetarikoa. Prozesu honetan luziferina-luziferasa erreakzioa burutzen da, non luziferina proteina oxidatua izaten den lizeferasa entzimaren ekintza katalizatzailearen ondorioz. [9]

Luziferina-luziferasa konbinaketa dibertsitatea dela eta, mekanismo kimikoan ezaugarri komun gutxi topatu dira. Gaur egun arte aztertuak izan diren sistemetan, ezaugarri komun bakarra oxigenoaren rola izan da, karbono dioxidoaren (CO2) kanporaketa ere maiz ikusi da. Esate baterako, ipurtargiaren luziferina-luziferasa erreakzioak magnesioa (Mg2+) eta ATPa behar ditu eta hondakin bezala CO2, adenosina monofosfatoa (AMP)  eta pirofosfatoa (PP) kanporatzen ditu. Beste kofaktore batzuk ere beharrezkoak izan daitezke; esate baterako, kaltzioa (Ca2+) aekuorina fotoproteinarentzako.[10]

Luziferina-luziferasa erreakzioa horrela gertatzen da: oxigenoak substratua, luziferina, oxidatzen du, luziferasak erreakzioa bizkortzen du eta ATPak erreakziorako energia ematen du, argia eta ura sortuz. [9] Erreakzioa oso bizkor ematen da eta organismoak distiratzen duen bitartean mantentzen da.

 

Luziferinaren egitura kimikoan, talde karboxilikoak ATP-ko fosfato taldearekin erreakzionatzen du eta horrela luziferaldehidoa eratzen da. Oxidazio entzimatikoaren amaierako produktua luziferinaren zetoderibatu bat da, oxiluziferina. Erreakzioaren tenperatura hobeezina 25ºC-koa da, tenperatura altuagoetan entzima inaktibatu egiten da eta tenperatura baxuagoetan erreakzioaren abiadura motelegia da. [9]

 
Koelenterazina

Eboluzioan zehar luziferinen aldakortasun txikia ikusi da; esaterako, koelenterazina, bederatzi dibisiotan topatzen den pigmentu argi igorlea da; Radiolaria, Cercozoa (Phaeodaria), Protozoa, Ctenophora, Cnidaria, Crustacea, Mollusca, Chaetognatha eta Vertebrata. Denek ez dute koelenterazina sintetizatzen, batzuek dietaren bitartez eskuratzen dute. Luziferasaren kasuan aldiz, aldakortasun handia dago eta espezie bakoitzean desberdina izan ohi da. [1]

 
Aequorea victoria

Aequorea victoria marmokak, luziferasaren ordez, aekuorina izeneko beste fotoproteina bat erabiltzen du. [11] Fotoproteinak erreakzio zinetiko ezohikoa duten entzimak dira. [12] Kaltzio ioiak gehitzerakoan katalisi azkar batek flash labur bat sortzen du, luziferasak sortzen duen distira luzearekin nahiko desberdintzen dena. Urrats astiroago batean luziferina erregeneratu egiten da oxiluziferinatik, forma oxidatutik, aekuorinarekin errekonbinatzea baimenduz, ondorengo flash bat prestatzeko. Are gehiago, aekuorinak igorritako argi urdin apur bat kaltzio ioiekin kontaktuan jartzerakoan, proteina berde fluoreszenteek xurgatu egiten dute, eta bueltan argi berdea askatzen dute erresonantzia energia-transferentzia deritzon prozesu batean. [13]

Luziferina, organismoaren arabera aldatzen denez, biolumineszentziaren bitartez sortzen den argiaren kolorea desberdina da. Duela gutxi arte aztertutako animalia espezie guztietan koloreak espektro ikusgarrian topatzen dira, beti berdearen eta urdinaren artean. Beste kolore batzuk ikusi diren kasuetan, organo iragazleek kolorea alteratzen dutelako edo islapen gainazalek kolorea distortsionatzen dutelako izan da. Aitzitik, oraintsu zenbait espezie aurkitu dira, Periphylla periphylla esaterako, tonalite gorrixkak sintetizatzeko gai direnak.

Erradiazio biolumineszentea normalean argi hotzaz (%69-90ean) eta bero emisioaz (%10-20ean) konposatzen da, hala ere, ikerketa batzuen arabera argi hotzaren proportzioa %100ekoa izan daitekeela estimatu da.

Biolumineszentzia eta fluoreszentzia ez dira gauza bera, desberdintasun nagusia energia iturria da. Biolumineszentzian energia iturria erreakzio kimikoak diren bitartean, fluoreszentzian, energia aurreko argi-iturri batetik lortzen da, gerora beste fotoi baten gisa berriro igortzen dena.

Motak Aldatu

Biolumineszentziaren barruan 3 mota nagusi bereiz daitezke: intrazelularra, extrazelularra eta zenbait bakteriok organismo desberdinekin sinbiosi harremanetan sortzen dutena.

Intrazelularra Aldatu

Biolumineszentzia intrazelularra zenbait espezieko zelula espezializatuek sortzen dute, bai organismo unizelular (dinoflagelatuak esaterako) baita multizelularretan ere. Argi hau larruazalaren bitartez igortzen da eta lente eta eta material islatzaile desberdinen bidez indartzen, ipurtargien urato kristalaren edo arrain desberdinen guanina plakaren antzera. Lumineszentzia mota hau zenbait txipiroi eta dinoflagelatuen (Protoperidium  generoa bereziki) bereizgarria da.

Extrazelularra Aldatu

Biolumineszentzia extrazelularra, luziferina eta luziferasaren erreakzioaren bidez ematen da organismoaren kanpoaldean. Konposatu hauek sintetizatu ondoren larruazaleko guruin desberdinetan edota hauen azpian metatzen dira. Behin askatuta, elkarren arteko eta kanpo inguruneko nahasketak hodei argitsuak sortzen dituzte. Lumineszentzia mota hau oso ohikoa da, zenbait krustazeoen eta zefalopodo abisal batzuen artean.

Bakterio lumineszenteekin sinbiosian Aldatu

Zelenteratu, zizare, molusku, ekinodermatu eta arrain itsastarren kasuan ezagutzen den fenomenoa da. Hauek, gorputzeko leku desberdinetan, bakterioak gordetzen dituzte, fotoforo izeneko maskuri edo puxika txikiak dituzte. Zenbait espeziek igorritako argi jarraiaren intentsitatea erregulatu dezakete egitura berezien bidez. Izan ere, gehienetan argi-eragile diren organo hauek nerbio sistemarekin lotuta daude. Modu honetan, animaliak nahi bezala kontrolatu dezake igorritako argi kantitatea.

Erregulazio genetikoa Aldatu

 
Lux operonaren azpiunitateen funtzioak.

Bakterioak bezalako organismoetan biolumineszentzia prozesuaren erregulazio genetikoa luxCDABE operonak kontrolatzen du. Operon hau, argiaren igorpenerako ezinbestekoak diren bost gene estrukturalen bitartez erregulatuta dago: luxA, luxB, luxC, luxD, eta luxE. LuxC, luxD eta luxE geneak aldehido substratua birziklatzeko gantz azidoen erreduktasa konplexua kodetzen dute eta luxA eta luxB luziferasa entzimaren α eta β azpiunitateak kodetzeaz arduratzen dira.[14] [15][16]

Operoiaren adierazpena itzulpen eta transkripzio mailan erregulatuta dago. LuxR geneak proteina erregulatzaile bat kodetzen duen bitartean, luxI genea proteina autoinduktore bat kodetzeaz arduratzen da. Zelularen dentsitatea geroz eta handiagoa izan, luxR proteinaren kontzentrazioa handiagoa izango da, eta honek autoinduktoreak eraginda, luxICDABE operoia aktibatzen du, argiaren sintesia eraginez. Ostera, proteina erregulatzailearen kontzentrazioa mugakorra bihurtzen da; izan ere, proteina erregulatzailearen eta autoinduktorearen artean sortzen den konplexuak luxR genearen itzulpena inhibitzen du.[14][17][18]

Operoia koakzio katabolikoaren bitartez ere erregulatu daiteke, bere promotoreek cAMP-rako lotura guneak baitituzte. [14] Entzima induzigarriek funtzionaltasuna erakusten dute baldintza jakin batzuetan; autore askorentzat, entzima horien indukzioa, mantenugai espezifikoen bitartez egiten da, eta horretarako entzimak ez dira etengabe sortzen. Bestalde, entzima batzuen sintesian, glukosak indukzioa maiz erreprimitzen du, nahiz eta induktorearen presentzia egon, hau cAMP exogenoaren bitartez gainditua izan daitekeelako; glukosaren errepresioari eta cAMP bitartezko alderantzikatzeari errepesio katabolikoa deitzen zaio. [14][19]

Organismo biolumineszenteak Aldatu

Onddoak Aldatu

Egun 112 onddo biolumineszente espezie baino gehiago ezagutzen dira eta batik bat klima epel eta tropikaletan aurki daitezke. Gehienak Basidiomycota dibisioaren  barruan kokatutako Agaricales ordenean sailkatuta daude. Salbuespen bakarra dago, Xylariales ordenean sailkatuta dagoen askomikotoa. Ezagutzen diren Agaricales ordeneko onddo guztiak esporadun fruitu-gorputza garatzen dute eta 4 lerro ebolutibo desberdinen parte dira. Omphalotus lerroa (Omphalotus eta Neonothopanus generoak biltzen dituena) 12 espeziez osatua , Armillaria lerroa 10 espeziez osatua eta Myceloid lerroa (Favolachia, Mycena, Panellus, Prunulus, Roridomyces) 50 espezie desberdin biltzen dituena. Berriki aurkitutako Lucentipes lerroan 2 espezie sailkatu dira, Mycena lucentipes eta Gerronema viridilucens.[20] Aipatutako onddo biolumineszente guztietatik, Armillaria mellea munduan zehar gehien zabalduta dagoen espeziea da; Asia, Europa, Ipar Amerika eta Hego Afrikan aurki daiteke.[21]

 
Panellus Stipticus

Onddo biolumineszenteak 520-530nm-tako uhin-luzera duen argi berdexka igortzen dute. Argia, zelula biziek soilik etengabe igortzen dute eta onddoaren zati desberdinetan agertu daiteke: mizelioan eta fruitu gorputzean Panellus stipticus eta Omphalotus olearius espezietan adibidez, edo mizelioan eta errizomorfo gazteetan Armillaria mellea espeziean bezala.[22] Roridomyces roridus espeziean bestalde, lumineszentzia esporetan soilik ematen da eta Collybia tuberosa-ren kasuan, aldiz, esklerozioan soilik.[23]

Gehienetan, onddo biolumineszente zurixka txikiak (“foxfire”) egur hilaren gainean sortzen dira hezetasun handiko basoetan. Forma hau tropikoetan oso ohikoa da. Espeziearen araberan, igorritako argiaren kolorea aldakorra izan daiteke (urdinetik, berdera edota horira). Onddo biolumineszente handien barruan, Australiako mamu onddoa bezala ezagutzen dena bereiz daiteke (Omphalotus nidiformis) eta Estatu Batuetan kalabaza (O. olearius) da aipagarriena. Azken hauek, 13cm-tako diametroa izateraino irits daitezke.[24]

Onddoetan ematen den biolumineszentziaren biokimika guztiz ezaugarritua ez dagoen arren, aterakin biolumineszenteen prestakinek in vitro biolumineszentziaren ezaugarri batzuk deskribatzea ahalbidetu dute. Datu esperimentalen arabera, 2 urratsetako mekanismoa beharrezkoa da biolumineszentzia sortzeko. Lehen urratsean, erreduktasa disolbagarri batek luziferina izeneko produktu argi igorlea erreduzitzen du NAD(P)H gastatuz. Bigarren urratsean aldiz, luziferasa solugaitza batek luziferina erreduzitua oxidatzen du energia berde-urdin koloreko argi moduan askatuz. Onddoaren hazkuntzan eragina duten kanpo faktoreek (tenperatura, pH, argi kantitatea…)  honen biolumineszentzian ere eragina duela ikusi da.[23]

Biolumineszentzia erakusten duten onddoen artean mekanismo entzimatiko komun bat dagoela ikusi da. Honek, biolumineszentzia eragiten duen bidezidorra,  Agaricales ordeneko fruitu gorputza garatzen duten espezieen eboluzioan sortzen lehenetariko bidezidorra  izango litzatekeela aditzera ematen du.[20] Ezagutzen diren espezie biolumineszente gehienak lignina deskonposatzaileak dira. Biolumineszentzia O2-rekiko dependentea den prozesu metabolikoa da. Hori dela eta, egurraren deskonposizioan zehar sortutako espezie oxigeno erreakzionatzaileen aurkako babesa eman diezaiokete onddo espezie desberdinei.

Onddoen biolumineszentziaren funtzioa oso ezaguna ez bada ere, fruitu gorputz lumineszentea duten espezien kasuan, haien argia, baso tropikal ilunetan larrekari (bai intsektu bai artropodo desberdinak) desberdinak erakartzeko erabil dezaketela uste da, beraien esporak barreiatu ahal izateko. Aldiz, mizelio lumineszentea duten espezien kasuan larrekariak ekiditeko ematen da.[23]

Algak Aldatu

Dinoflagelatuak Aldatu

 
Itsaso lumineszentzia

Gehien aurkitzen diren organismo biolumineszenteak dinoflagelatuak izan daitezke, itsas-azalean topatzen dira eta ur mugituetan gauez ikusi daitezkeen distirak sortzen dituzte. Gutxienez 18 generok erakusten dute biolumineszentzia.[1] Dinoflagelatu biolumineszenteen ekosistemak ur epeleko lakuak eta itsasora irekigune estua duten badiak dira.[25] Itsas lumineszentzia (ingelesez, Milky sea effect) gertaera ezberdina da, hau milaka kilometro  karratuetan zehar zabaldu daiteke eta distira bakterio biolumineszenteek eragiten dute. [26]

Tropikoko leku askotan ozeanoaren gainazala organismo planktoniko argitsu zelulabakarretan dentsoa da, batez ere dinoflagelatuetan. Hauek mekanikoki estimulatuak direnean argiztatzen dira; olatuen eraginez esaterako. Organismo batzuek argi-intentsitatearen 24 orduko erritmoa erakusten dute, altuena gauez eta baxuena egunean zehar.

 
Noctiluca scintillans

Dinoflagelatuak bezalako alga biolumineszenteen espezieak hedatu eta ugariak egiten direnean, alga loraldi (ingelesez algae bloom) kaltegarriak gerta daitezke.[27]  Alga loraldiak eragin ditzaketen dinoflagelatuak badira ere, Noctiluca scintillans bezala, dinoflagelatu guztiak ez dira gai. [28] Dinoflagelatuen 17 toxina klaseen artean espezie biolumineszenteak 2 toxina sortzearen arduradun dira eta hauen artean bakarra izan da sakonki aztertua. [27]

68 dinoflagelatau espeziek garatu dute biolumineszentzia, baina honen funtzioa oraindik ez dago guztiz garbi. Hipotesi onartuenaren arabera, biolumineszentziak dinoflagelatuen biziraupenean laguntzen du “lapurrentzako alarma” moduan funtzionatuz. Biolumineszentziaren zooplankton larrekarien aurkako defentsa rola Lingulodinium polyedra espeziean ikusi zen kopepodo larrekari batek sintetizatutako amiden aurrean garatutako biolumineszentzia igoera dela eta. Biolumineszentziaren ondorioz, dinoflagelatuek arrakastatsu iraun dezakete tamaina antzekoko organismoek, diatomeoek eta alga berdeek, dominatzen duten fitoplankton komunitatean.[28]

Dinoflagelatu biolumineszenteen artean Alexandrium spp., Gonyaulax spp., Pyrodinium spp., Lingulodinium polyedra eta Noctiluca scintillans [28] sailkatzen dira.

 
Malko urdinak Matsu Irletan

Udarako hilabeteetan, Taiwaneko Matsu irletan dinoflagelatu biolumineszente kopuru handiak biltzen dira “malko urdinak” bezala ezagutzen dena. 2019an, zientzialariek “malko urdinak” fenomenoa itsasoko bizia pozoitzearekin lotu zuten, algek amonioa eta beste konposatu toxiko batzuk kanporatzen baitituzte elikatzen diren neurrian. Alga suntsikorrak itsasertzetik 300km-tara topatu dira. Honek, alga loraldia zabaltzen ari dela iradokitzen du. Zenbait ikertzailek, loraldia Yangtze ibaian Hiru Arroiletako presaren eraikuntzak bultzatu zuela teorizatu zuten.[29]

Aplikazioak Aldatu

Biologia eta medikuntza Aldatu

Organismo biolumineszenteak ikerketa-eremu askoren xede dira. [30][31]Proteina biolumineszenteak tresna biokimiko ahaltsuak dira arlo ugaritan; besteak beste, geneen adierazpenaren azterketan, medikamentuen aurkikuntzan, proteinen dinamikaren azterketan eta seinaleen itzulketarako bideen mapaketan. Ezagutzera gehien eman diren proteinak luziferasak dira. Hauek sentikortasun handiko hautematea baimentzen dute eta ezaugarri bereizgarriak dituzte; errendimendu kuantiko handia eta toxizitatearen gabezia zelula edo organismo bereiztuetan adierazten direnean. Ikerketa zabalak burutu dira proteina fluoreszenteen propietateak aldatzeko eta horrela uhinen igorpen ezberdinak dituzten proteina mutanteak lortu. [14][32][33]

Luziferasa sistemak ingeniaritza genetikoan oso erabiliak dira gene markatzaile bezala, gene bakoitzak fluoreszentzia bitartez kolore ezberdin bat sintetizatuz, [30][31] eta biomedikuntzari dagokionez, ikerketetan biolumineszentziazko irudiak erabiltzen dira. [34][35][36] Esate baterako, ipurtargien luziferasa genea 1986ean jada erabilia izan zen tabako landare transgenikoen ikerkuntzan.[37] Bestetik, Vibrio bakterioek Eupryna scolopes bezalako animali itsastarrekin egiten duten sinbiosia biolumineszentziarako eredu esperimentaletarako gako da. [38][39] Era berean, biolumineszentzia bitartez aktibatzen den suntsipena minbizi tratamentu esperimental bezala aztertua izaten ari da.[40]

 
Proteina berde fluoreszentea (GFP)

Biolumineszentziaren beste aplikazio bat Aequorea victoria marmokak sintetizatzen duen GFP proteinarena da. Proteina hau kodetzen duen genea, jada klonatua izan dena, markatzaile biologiko bezala erabiltzen da. GFP proteinak beste proteina batzuen aldean ez du gehigarririk behar argiztatzeko edo distiratzeko, nahikoa da izpi ultramoreekin edo urdinekin erradiatzea fluoreszentzia igortzeko eta horrela aurretiaz ikusezinak ziren prozesuak ikuskatzeko; besteak beste, minbizi zelulak nola zabaltzen diren, Alzheimer-a nola garatzen den, bakterio patogenikoen hazkuntza eta GIB-aren barreiatzea organismoan zehar.[41]

Aplikatutako beste teknika bat garun ortzadarra edo ingelesez brainbow izenekoa da. 2007an Harvard Unibertsitateko ikertzaile talde batek nerbio sistema irudikatzeko mapa bat garatu zuen, non proteina fluoreszenteen bitartez, neuronak eta garuneko beste zelula batzuk kolore desberdinetan ikus daitezke, nerbio sistema aztertzea eta prozesu neuronalak sailkatzea baimenduz. Arratoi batzuk genetikoki modifikaztuak izan ziren kolore desberdinetako (horia, zian eta gorria) proteinen kopuru zehatzak sintetizatzeko garuneko nerbio zelula indibidualetan. Emaitza bezala 90 tonalitate ezberdinetan distiratzen zuen garun bat ikusi zen. Horrela, ikertzaileek sare trinko batean zehar zelula indibidualen nerbio zuntzak jarraitzea posible zuten. [41]

Argiaren sintesia Aldatu

 
Brainbow (Lichtman 2008)

Fotoforoak organismo biolumineszenteetan argia sintetizatzen duten organoak dira. Hauen egitura diseinatzaile industrialengatik ikertua izanten ari da. Ingeniaritza biolumineszentea noizbait kaleetako argiztapenerako edo apaingarrietarako erabilia izan daiteke baina horretarako argiaren sintesia nahiko distiratsua izan behar da eta epe luzeetan iraun behar du prezio bideragarri baten barruan. [42][43][44] 2014ean, Cambrige hiriko iGEM talde bat lanean hasi zen argiaren sintesirako erreakzioan luziferina kontsumitu ez dadin, horretarako, Ipar Amerikako ipurtargiek duten luziferina erregeneratzeko entzima bat kodetzen duen atal genetiko-bioteknologiko bat garatzen ari dira.[45]

Ipurtargien isatsa distirarazten duen genea ziape landareetara gehitua izan da. Landarea ukitzerakoan distira ahul bat igortzen du ordu batez, baina kamera sentikor baten beharra dago distira ikusteko.[46] Wisconsin-Madison Unibertsitatea genetikoki diseinatutako biolumineszentziaren erabilera aztertzen ari da E. coli bakterioan bakterio biolumineszente bezala erabiltzeko bonbilla batean.[47] Bestetik, 2011. urtean, Phillips korporazioak etxeetan giro argia sortzeko sistema mikrobiano bat plazaratu zuen. [48][49] 2016ean, Glowee, enpresa frantses bat, denden sarrerarako eta kaleko seinaleetarako argi biolumineszenteak saltzen hasi zen,[50] goizeko 01:00-7:00 tartean erabiltzeko; izan ere, legeak ordutegi horretan xede horietarako elektrizitatearen erabilera debekatzen du.[51][50] Aliivibrio fischeri bakterioaren biolumineszentzia baliatu zuten baina hauek sintetizatzen zuten produktu biolumineszentearen gehienezko iraupena 3 egunekoa zen. [50] 2020ko apirilean, landareak ingeniaritza genetikoaren bitartez biziago distirarazteko modifikatu ziren Neonothopanus nambi onddoaren gene biolumineszenteak erabiliz azido kafeikoa luziferina bihurtzeko. [50][52]

ATP biolumineszentzia Aldatu

ATP biolumineszentzia, organismo batean ATPa lumineszentzia sortzeko erabiltzen denean ematen den prozesua da. Zelulen bideragarritasuna neurtzeko biosentsore ona izatea frogatu da. Biosentsore optikoek lumineszentziaren eta fluoreszentzia xurgaketa edo emisioaren neurketa prozesuak biltzen dituzte. Neurketa hauen bitartez, ATP biolumineszentziaren neurketa kuantitatiboa aplikatzen da mikrobio biziak soilik detektatzeko. Metodoa azkarra eta komenigarria denez, datuak denbora errealean lortzen dira. Metodo honen bidez zehazten den mikrobioen populazioa kontzentrazioarekin erlazionatuta dago. [53]

Zelula bizidunen eta bizigabeen arteko desberdintzapena Aldatu

ATP biolumineszentzian, ATPa sintetizatzeko luziferina eta luziferasaren erreakzioa ematen den bitartean zelula bizidun guztiek ATP kopuru bera dutela onartzen da. Hau zelularen bideragarritasuna neurtzeko egiten da eta ikertzaileek ATPren presentzia edo gabeziaren arabera lagineko zelula bizi eta hilen kopurua neurtu dezakete. ATPa duten zelula biziek biolumineszentzia flash-a sortzen dute ATParen presentzian luziferina eta luziferasa arteko erreakzioa ematearen ondorioz. Hildako zelulek, aldiz, ez dute biolumineszentziarik sortzen ATP faltaren ondorioz. Lagin osasuntsu batean, zelula bizi bakoitzerako seinalearen intentsitatea konstantea da. Era honetan, lagin bateko zelula bizien kopuru osoa determinatua da. [54]

ATPa, luziferasaren erreakziorako ezinbestekoa dena, erabiltzen da eta bigarren urratsean oxiluziferina sintetizatzen da. Oxiluziferina kitzikapen egoeran sintetizatuko da eta oinarrizko egoerara bueltatzerakoan igorriko du argia. Igorritako argia luminometroen bitartez detektatzen da. ATParen kontzentrazioa zuzenki proportzionala da igorritako argi kopuruarekin, Argiaren Unitate Erlatiboetan (AUE) neurtzen dena. ROC (ingelesezko Receiver Operating Characteristic akronimoa) bat erabiltzen da neurketen sentikortasuna eta zehaztasuna neurtzeko. Biolumineszentzia intentsitatearen eta ATP estandarraren kontzentrazioaren artean korrelazio zuzena dago. Era berean, korrelazio zuzena dago biolumineszentziaren eta Kolonia Unitate Sortzaile (KUS) artean. Aitzitik, ATP estandarraren kontzentrazioa eta KUS arteko korrelazioa estandarra da. Era honetan, ATPa neurtu egiten da eta populazio mikrobianoa biolumineszentziaren bitartez zehazten da.[53]

Hala eta guztiz ere, kontuan izan behar da mikroorganismo populazio ezberdinak determinatzeko ATP sorta ezberdinak eta beste substratu eta erreaktibo batzuk erabiltzen direla.[55]

Erreferentziak Aldatu

  1. ↑ a b c d e f g Haddock, Steven H. D.; Moline, Mark A.; Case, James F.. (2010). «Bioluminescence in the sea» Annual Review of Marine Science 2: 443–493.  doi:10.1146/annurev-marine-120308-081028. ISSN 1941-1405. PMID 21141672. (Noiz kontsultatua: 2023-03-09).
  2. ↑ a b «Terrestrial Bioluminescence: Biological and Biochemical Diversity» photobiology.info (Noiz kontsultatua: 2023-03-09).
  3. ↑ (Ingelesez) Young, Richard Edward; Roper, Clyde F. E.. (1976-03-12). «Bioluminescent Countershading in Midwater Animals: Evidence from Living Squid» Science 191 (4231): 1046–1048.  doi:10.1126/science.1251214. ISSN 0036-8075. (Noiz kontsultatua: 2023-03-09).
  4. ↑ (Ingelesez) Stanger-Hall, Kathrin F.; Lloyd, James E.; Hillis, David M.. (2007-10). «Phylogeny of North American fireflies (Coleoptera: Lampyridae): Implications for the evolution of light signals» Molecular Phylogenetics and Evolution 45 (1): 33–49.  doi:10.1016/j.ympev.2007.05.013. (Noiz kontsultatua: 2023-03-09).
  5. ↑ (Ingelesez) Bowlby, M. R.; Widder, E. A.; Case, J. F.. (1990-12). «Patterns of Stimulated Bioluminescence in Two Pyrosomes (Tunicata: Pyrosomatidae)» The Biological Bulletin 179 (3): 340–350.  doi:10.2307/1542326. ISSN 0006-3185. (Noiz kontsultatua: 2023-03-09).
  6. ↑ Encyclopedia of the aquatic world.. Marshall Cavendish 2004 ISBN 0-7614-7418-8. PMC 51445929. (Noiz kontsultatua: 2023-03-09).
  7. ↑ (Ingelesez) Herring, Peter J.; Cope, Celia. (2005-12-01). «Red bioluminescence in fishes: on the suborbital photophores of Malacosteus, Pachystomias and Aristostomias» Marine Biology 148 (2): 383–394.  doi:10.1007/s00227-005-0085-3. ISSN 1432-1793. (Noiz kontsultatua: 2023-03-09).
  8. ↑ (Gaztelaniaz) «Fernando Navarro» Diario Médico 2023-03-09 (Noiz kontsultatua: 2023-03-09).
  9. ↑ a b c Rodríguez, M.J.; Cerda, F. R.; Estrada, B.C.; Gaona, L. G. J.; Ilyina, A. D.; Garza, G. Y.; Dukhovich, A. F.; (1998). Sistema Bioluminiscente Luciferina-Luciferasa de las Luciérnagas. Parte I: Propiedades Bioquímicas y Catalíticas de la Enzima Luciferasa. Journal of the Mexican Chemical Society, mayo-junio, 99-108.
  10. ↑ Hastings, J. W.. (1983). «Biological diversity, chemical mechanisms, and the evolutionary origins of bioluminescent systems» Journal of Molecular Evolution 19 (5): 309–321.  doi:10.1007/BF02101634. ISSN 0022-2844. PMID 6358519. (Noiz kontsultatua: 2023-03-09).
  11. ↑ Shimomura, O.; Johnson, F. H.; Saiga, Y.. (1962-06). «Extraction, purification and properties of aequorin, a bioluminescent protein from the luminous hydromedusan, Aequorea» Journal of Cellular and Comparative Physiology 59: 223–239.  doi:10.1002/jcp.1030590302. ISSN 0095-9898. PMID 13911999. (Noiz kontsultatua: 2023-03-09).
  12. ↑ Shimomura, O.; Johnson, F. H.. (1975-07-17). «Regeneration of the photoprotein aequorin» Nature 256 (5514): 236–238.  doi:10.1038/256236a0. ISSN 0028-0836. PMID 239351. (Noiz kontsultatua: 2023-03-13).
  13. ↑ Morise, H.; Shimomura, O.; Johnson, F. H.; Winant, J.. (1974-06-04). «Intermolecular energy transfer in the bioluminescent system of Aequorea» Biochemistry 13 (12): 2656–2662.  doi:10.1021/bi00709a028. ISSN 0006-2960. PMID 4151620. (Noiz kontsultatua: 2023-03-09).
  14. ↑ a b c d e Sáenz, M. S., & Nevárez, M. G. (2010). La bioluminiscencia de organismos marinos y su potencial biotecnológico. Revista Científica de la Universidad Autónoma de Coahuila , 2.
  15. ↑ Frackman, S; Anhalt, M; Nealson, K H. (1990-10). «Cloning, organization, and expression of the bioluminescence genes of Xenorhabdus luminescens» Journal of Bacteriology 172 (10): 5767–5773.  doi:10.1128/jb.172.10.5767-5773.1990. ISSN 0021-9193. (Noiz kontsultatua: 2023-03-13).
  16. ↑ Wood KV. 1998. The Chemistry of Bioluminescent Reporter Assays. Promega Notes. 65: 14-20. XI L, Cho KW y Tu SC. 1991. Cloning and Nucleotide Sequences of lux Genes and Characterization of Luciferase ofXenorhabdus luminescens from a Human Wound. J. Bacteriol.173: 1399-1405.
  17. ↑ Manefield M, De Nys R, Kumar N, Read R, Givsko M, Steinberg P y Kjelleberg S. 1999. Evidence that halogenated furanones from Delisea pulchra inhibit acylated homoserine lactone (AHL)-mediated gene expression by displacing the AHL signal from its receptor protein. Microbiol. 145:283-29.
  18. ↑ Koncz C, Landgridge WHR, Olsson O, Schell J y Szalay A. 1990. Bacterial and firefly luciferase genes in transgenic plants: advantages and disadvantages of a reporter gene. Develop. Genetics. 11:224-232.
  19. ↑ Nealson KH y Hastings JW. 1979. Bacterial Bioluminescence: Its Control and Ecological Significance. Microbiol. Rev. 43:496-518.
  20. ↑ a b (Ingelesez) Oliveira, Anderson G.; Desjardin, Dennis E.; Perry, Brian A.; Stevani, Cassius V.. (2012-05). «Evidence that a single bioluminescent system is shared by all known bioluminescent fungal lineages» Photochemical & Photobiological Sciences 11 (5): 848–852.  doi:10.1039/c2pp25032b. ISSN 1474-905X. (Noiz kontsultatua: 2023-03-13).
  21. ↑ Vydryakova GA, Psurtseva NV, Belova NV, Pashenova NV, Gitelson JI (2009). "Luminous mushrooms and prospects of their use". Mikologiya i Fitopatologiya (in Russian). 43 (5): 369–376. ISSN 0026-3648.
  22. ↑ Bioluminescence in action. Academic Press 1978 ISBN 0-12-342750-9. PMC 4933690. (Noiz kontsultatua: 2023-03-13).
  23. ↑ a b c Moore, D.. (2011). 21st century guidebook to fungi. Cambridge University Press, 246 or. ISBN 978-1-107-00676-8. PMC 669269815. (Noiz kontsultatua: 2023-03-13).
  24. ↑ (Ingelesez) «Bioluminescence - The range and variety of bioluminescent organisms | Britannica» www.britannica.com (Noiz kontsultatua: 2023-03-13).
  25. ↑ "Bioluminescence | National Geographic Society". education.nationalgeographic.org.
  26. ↑ Ross, Alison (27 September 2005). "'Milky seas' detected from space". BBC.
  27. ↑ a b (Ingelesez) Cusick, Kathleen D.; Widder, Edith A.. (2020-09). «Bioluminescence and toxicity as driving factors in harmful algal blooms: Ecological functions and genetic variability» Harmful Algae 98: 101850.  doi:10.1016/j.hal.2020.101850. (Noiz kontsultatua: 2023-03-13).
  28. ↑ a b c Manning, Tahnee; Thilagaraj, Arjun Venkatesh; Mouradov, Dmitri; Piola, Richard; Grandison, Clare; Gordon, Matthew; Shimeta, Jeff; Mouradov, Aidyn. (2021-02-15). «Diversity of dinoflagellate assemblages in coastal temperate and offshore tropical waters of Australia» BMC Ecology and Evolution 21 (1): 27.  doi:10.1186/s12862-021-01745-5. ISSN 2730-7182. PMID 33588746. PMC PMC7885227. (Noiz kontsultatua: 2023-03-13).
  29. ↑ (Ingelesez) Qi, Lin; Tsai, Sheng‐Fang; Chen, Yanlong; Le, Chengfeng; Hu, Chuanmin. (2019-06-16). «In Search of Red Noctiluca scintillans Blooms in the East China Sea» Geophysical Research Letters 46 (11): 5997–6004.  doi:10.1029/2019GL082667. ISSN 0094-8276. (Noiz kontsultatua: 2023-03-13).
  30. ↑ a b (Ingelesez) Koo, Jachoon; Kim, Yumi; Kim, Jeongsik; Yeom, Miji; Lee, In Chul; Nam, Hong Gil. (2007-08). «A GUS/Luciferase Fusion Reporter for Plant Gene Trapping and for Assay of Promoter Activity with Luciferin-Dependent Control of the Reporter Protein Stability» Plant and Cell Physiology 48 (8): 1121–1131.  doi:10.1093/pcp/pcm081. ISSN 1471-9053. (Noiz kontsultatua: 2023-03-13).
  31. ↑ a b (Ingelesez) Nordgren, Ida Karin; Tavassoli, Ali. (2014). «A bidirectional fluorescent two-hybrid system for monitoring protein–protein interactions» Molecular BioSystems 10 (3): 485.  doi:10.1039/c3mb70438f. ISSN 1742-206X. (Noiz kontsultatua: 2023-03-13).
  32. ↑ Dikici E, Qu X, Rowe L, Millner L, Logue C, Deo SK, Ensor M y Daunert S. 2009. Aequorin variants with improved bioluminescence properties. Protein Eng., Design & Selection. 22:243–248.
  33. ↑ Michelini E, Cevenini L, Mezzanotte L, Roda B, Dolci LS y Roda A. 2009. Bioluminescent reporter proteins for multicolor assays. Minerva Biotecnol. 21:87-96.
  34. ↑ (Ingelesez) Xiong, Yan Q.; Willard, Julie; Kadurugamuwa, Jagath L.; Yu, Jun; Francis, Kevin P.; Bayer, Arnold S.. (2005-01). «Real-Time In Vivo Bioluminescent Imaging for Evaluating the Efficacy of Antibiotics in a Rat Staphylococcus aureus Endocarditis Model» Antimicrobial Agents and Chemotherapy 49 (1): 380–387.  doi:10.1128/AAC.49.1.380-387.2005. ISSN 0066-4804. PMID 15616318. PMC PMC538900. (Noiz kontsultatua: 2023-03-13).
  35. ↑ (Ingelesez) Di Rocco, Giuliana; Gentile, Antonietta; Antonini, Annalisa; Truffa, Silvia; Piaggio, Giulia; Capogrossi, Maurizio C.; Toietta, Gabriele. (2012-09). «Analysis of Biodistribution and Engraftment into the Liver of Genetically Modified Mesenchymal Stromal Cells Derived from Adipose Tissue» Cell Transplantation 21 (9): 1997–2008.  doi:10.3727/096368911X637452. ISSN 0963-6897. (Noiz kontsultatua: 2023-03-13).
  36. ↑ (Ingelesez) Zhao, Dawen; Richer, Edmond; Antich, Peter P.; Mason, Ralph P.. (2008-07). «Antivascular effects of combretastatin A4 phosphate in breast cancer xenograft assessed using dynamic bioluminescence imaging and confirmed by MRI» The FASEB Journal 22 (7): 2445–2451.  doi:10.1096/fj.07-103713. ISSN 0892-6638. PMID 18263704. PMC PMC4426986. (Noiz kontsultatua: 2023-03-13).
  37. ↑ Ow, D. W.; DE Wet, J. R.; Helinski, D. R.; Howell, S. H.; Wood, K. V.; Deluca, M.. (1986-11-14). «Transient and stable expression of the firefly luciferase gene in plant cells and transgenic plants» Science (New York, N.Y.) 234 (4778): 856–859.  doi:10.1126/science.234.4778.856. ISSN 0036-8075. PMID 17758108. (Noiz kontsultatua: 2023-03-13).
  38. ↑ Altura, Melissa A.; Heath-Heckman, Elizabeth A. C.; Gillette, Amani; Kremer, Natacha; Krachler, Anne-Marie; Brennan, Caitlin; Ruby, Edward G.; Orth, Kim et al.. (2013-11). «The first engagement of partners in the Euprymna scolopes-Vibrio fischeri symbiosis is a two-step process initiated by a few environmental symbiont cells» Environmental Microbiology 15 (11): 2937–2950.  doi:10.1111/1462-2920.12179. ISSN 1462-2920. PMID 23819708. PMC 3937295. (Noiz kontsultatua: 2023-03-13).
  39. ↑ "Comprehensive Squid-Vibrio Publications List". University of Wisconsin-Madison.
  40. ↑ Ludwig Institute for Cancer Research (21 April 2003). "Firefly Light Helps Destroy Cancer Cells; Researchers Find That The Bioluminescence Effects of Fireflies May Kill Cancer Cells From Within". Science Daily.
  41. ↑ a b Jaramillo, J. (febrero de 2014). El brillo que ilumina la ciencia. CienciaUANL .
  42. ↑ "How illuminating". The Economist. 10 March 2011.
  43. ↑ Bioluminescence Questions and Answers. Siobiolum.ucsd.edu.
  44. ↑ (4 May 2013) One Per Cent: Grow your own living lights The New Scientist, Issue 2915,
  45. ↑ "E.glowli Cambridge: Parts submitted". iGEM.
  46. ↑ Dr. Chris Riley, "Glowing plants reveal touch sensitivity", BBC 17 May 2000.
  47. ↑ Halverson, Nic (15 August 2013). "Bacteria-Powered Light Bulb Is Electricity-Free".
  48. ↑ Swaminathan, Miep. "Philips launches 'Microbial Home' new forward looking design concepts".
  49. ↑ Cha, Bonnie (28 November 2011). "Philips Bio-light creates mood lighting with bacteria".
  50. ↑ a b c d Marcellin, Frances (26 February 2016). "Glow-in-the-dark bacterial lights could illuminate shop windows 2016". New Scientist.
  51. ↑ "Glowee: A vision of night-time lighting". Electricite de France. 2015.
  52. ↑ (Ingelesez) Mitiouchkina, Tatiana; Mishin, Alexander S.; Somermeyer, Louisa Gonzalez; Markina, Nadezhda M.; Chepurnyh, Tatiana V.; Guglya, Elena B.; Karataeva, Tatiana A.; Palkina, Kseniia A. et al.. (2020-08-01). «Plants with genetically encoded autoluminescence» Nature Biotechnology 38 (8): 944–946.  doi:10.1038/s41587-020-0500-9. ISSN 1087-0156. PMID 32341562. PMC PMC7610436. (Noiz kontsultatua: 2023-03-13).
  53. ↑ a b (Ingelesez) Arroyo, Máira Gazzola; Ferreira, Adriano Menis; Frota, Oleci Pereira; Rigotti, Marcelo Alessandro; de Andrade, Denise; Brizzotti, Natalia Seron; Peresi, Jacqueline Tanury Macruz; Castilho, Elza Maria et al.. (2017-12). «Effectiveness of ATP bioluminescence assay for presumptive identification of microorganisms in hospital water sources» BMC Infectious Diseases 17 (1): 458.  doi:10.1186/s12879-017-2562-y. ISSN 1471-2334. (Noiz kontsultatua: 2023-03-13).
  54. ↑ (Ingelesez) Eed, Heba Ramadan; Abdel-Kader, Nora S.; El Tahan, Mahmoud Helmy; Dai, Tianhong; Amin, Rehab. (2016). «Bioluminescence-Sensing Assay for Microbial Growth Recognition» Journal of Sensors 2016: 1–5.  doi:10.1155/2016/1492467. ISSN 1687-725X. (Noiz kontsultatua: 2023-03-13).
  55. ↑ Tannous, Bakhos A.. (2009). «Gaussia luciferase reporter assay for monitoring biological processes in culture and in vivo» Nature Protocols 4 (4): 582–591.  doi:10.1038/nprot.2009.28. ISSN 1750-2799. PMID 19373229. PMC 2692611. (Noiz kontsultatua: 2023-03-13).

Kanpo estekak Aldatu

Gai honi buruzko informazio gehiago lor dezakezu Scholian
"https://eu.wikipedia.org/w/index.php?title=Biolumineszentzia&oldid=9310835"(e)tik eskuratuta