Taldea 1909an sortu zuen Emilio Arnstein austriar futbol zaleak eta XX. mendearen hasierako hamarkadetan talde indartsua izan zen, batez ere 20. eta 30. hamarkadetan. Bigarren Mundu Gerra Italian hasi zenerako irabaziak zituen jadanik sei liga.
Hurrengo hamarkadetan lehen mailako erdi pareko postuetan kokaturik egon zen harik eta 1964an bere zazpigarren liga, eta orain arteko azkena, eskuratu zuen arte. 1970. hamarkadaren hasieran bi kopa eskuratu zituen, bigarrena Palermoren aurka bana berdindu ostean penalti jaurtiketek erabaki zuten. 1982an lehen mailatik jeitsi zen eta berehala hirugarren mailaraino joan zen. 2006 arte ez zuen bigarren mailara igotzerik lortu eta 2008an lehen mailara igo zen berriz Francesca Menarini entrenatzailearen eskutik.
2010an Consorte bankariak eta Zanetti negozio-gizonak Bologna 2010 kontsortzioa eratu eta Bologna FC hartu zuen beren gain. 2014 urtean maila galdu zuen baina 2015ean play offak irabazi eta Seria A-ra itzuli zen. Ordutik beheko postuetan ari den arren mantentzea lortu du.