1964. urtean fundatu zen taldea. Hasieran talde amateurra izan zen eta 1977an Danimarkako 2. mailan hasi zuen ibilbide profesionala. 1982an Michael Laudrup bertan hasi zen jokatzen eta berehala Juventus FC-k fitxatu zuen, ordura arteko Danimarkako fitxajerik garestiena izan zen gainera. Diru sarrera honen ondoren berehala iritsi zen Brøndbyren "urrezko aroa", izan ere 1991 artean 5 liga eskuratu baitzituen.
1992. urtean FC København sortu zenetik, bien artean egon da Danimarkako futbolaren ribalitate handiena. Hasieraa batean diru arazoen erruz taldeak gaizki pasatu zuen eta 1996 arte ezin izan zuen liga berria lortu. Orduan hiru liga erreskadan irabazi zituen. 2003an Michael Laudrup fitxatu zuen entrenatzaile lanetarako eta liga bakarra eta bi kopa lortu zituen bere gidaritzapean. Lortu duen azkenengo titulua 2008ko Kopa izan da.
2016-17 denboraldian maila ona erakutsi zuen eta bigarren egin zuen Ligan zein Kopan. 2017-18an berriz ere bigarrena izan zen ligan eta Kopa eskuratu zuen hamar urteren ondoren. 2020-21 denboraldian Liga berri bat irabazi zuen 16 urteren ondoren.
- Liga (11): 1985, 1987, 1988, 1990, 1991, 1995-96, 1996-97, 1997-98, 2001-02, 2004-05 eta 2020-21.
- Danimarkako Kopa (7): 1988-89, 1993-94, 1997-98, 2002-03, 2004-05 eta 2007-08, 2017-18
- Danimarkako Superkopa (4): 1994, 1996, 1997 eta 2002
- Ligako kopa (3): 1984, 2005 eta 2006
- Txapeldunen ligan: 6 parte hartze. Emaitzarik onena final laurdena (1985-86)
- UEFA Kopan: 12 parte hartze. Emaitzarik onena final aurrekoa (1991)