Itsaso Jonikoa Mediterraneo erdialdean dago, Italiako hegoaldearen eta Balkanetako penintsularen artean. Italiako hegoaldearekin (Kalabriarekin, Siziliarekin eta Salentoko penintsularekin) eta Albaniako eta Greziako mendebaldeekin egiten du muga.
Tirreniar itsasoarekin Messinako itsasartearen bidez dago lotuta, eta Adriatikoarekin Otrantoko kanalaren bitartez. Jonikoan dago Mediterraneoaren zatirik sakonena. Izan ere, 4.000 metro baino gehiagoko sakonera du hainbat lekutan, eta punturik sakonena 5.270 metroko sakoneran dago, Greziatik gertu.
Itsaso honetan dauden uharte gehienak ekialdean daude eta greziarrak dira, hala nola Korfu, Zante, Zefalonia, Itaka eta Leukada. Uharte hauei Joniako Uharteak deitzen zaie ia beti.
Antzinaroan, Jonikoa itsaso garrantzitsua zen haren kostaldean zeuden hiri ezberdinen arteko merkataritzarako. Gaur egun, Italiar penintsulatik Greziara joateko zeharkatu behar den itsasoa delako da garrantzitsua batez ere. Portu aipagarrienak Tarento, Catania eta Sirakusa dira Italian, eta Korfu eta Patras Grezian.