Bachen lanpostuko zereginetako bat zen Thomasschule eskolako ikasleei kantu-heziketa ematea eta Leipzigeko bi eliza nagusietarako (Santo Tomas eta San Nikolas elizak) musika konposatzea astero. Halaber, bere lanpostuak latina irakastera behartzen zuen, baina azken eginkizun horretan haren ordezkari bat aritzea baimendu zioten.
Leipzigen igaro zituen lehenbiziko sei urteetan, eta bere sormenari fruitu paregabea atereaz, Bach iritsi zen urtero bost kantata-ziklo ere konposatzera (horietako bi galdu egin dira, antza). Kantata horietako gehienetan landutako gaia osatzen dute urte luteranoko igande eta jai-egun bakoitzerako Itun Berriko irakurgaiek. Horietako asko konposatu ziren eliza-kantu tradizionalak inspirazio-iturri gisa erabiliz kantatetarako, hala nola ''[[Wachet auf, ruft uns die Stimme]]'', ''[[Nun komm, der Heiden Heiland]]'', eta ''[[Wie schön leuchtet der Morgenstern]]''.
Lan horien entseguak eta emanaldiak Santo Tomas elizan egiteko, Kontseiluak Bachi soil-soilik zortzi instrumentista iraunkor ipini zizkion eskueran; horrek esan nahi du konposalan ertain eta handietarako beharrezkoak diren hogei instrumentu-jotzaileak unibertsitatetik, eskolatik eta jendartetik lortu behar zituela Bachek.
1720ko hamarkadako zati handi bat kantatak konposatzen igaro ondoren, Bachek eliza-musikako errepertorio itzela bildu zuen Leipzigeko bi eliza nagusietarako. Puntu horretara iritsi ondoren, bere musika-konposizio eta -emanaldiak liturgiatik haratago hedatzeko gogoa piztu zitzaion. 1729ko martxoan, Collegium Musicum-eko zuzendaritza hartu zuen bere gain. Emanaldiak egiteko musika-talde sekularra zen hori, 1701ean bere aspaldiko lagun [[Georg Philipp Telemann]] konposatzaileak sortua.
