[[Zelula eukariotikoekeukariotiko]]ek, mintzez inguratutako organulu espezializatuak dituztenez, prokariotoek[[prokarioto]]ek baino aukera gehiago dituzte metabolismoa kontrolatzeko. Bide metaboliko bakoitzak zelulan kokagune berezi bat duenez, ingurune eta baliabide espezifikoak izango ditu; horiek, halaber, mintzean zeharreko garraio-sistemen araberakoak izango dira. Konpartimentazioaren abantaila azaltzeko adibide argia da [[gantz-azidoenazido]]en metabolismoarena. Zelularen edo organismoaren egoera orokorrak anabolismoa bultzatzen duenean, gantz-azidoak sintetizatzen dira zitosolean, eta bestelako [[lipido]] konplexuak sortzen dira ([[esterifikazio]] bidez). Aitzitik, egoera katabolikoa bada, hots, energia ekoiztea beharrezkoa bada, gantz-azidoak mitokondrioen[[mitokondrio]]en matrizera garraiatzen dira; han, erregaien eskuragarritasuna handitze hutsagatik oxidatzen dira. Kasu horretan, konposatu baten igorleku metabolikoa haren kokapenaren araberakoa da, eta mintzean zeharreko fluxuaren erregulazioaren mende dago<ref name="ZT"/>.
