Santoñako hitzarmenaren arrazoiak ez dira erabat ezagutzen. Gehienen iritziz, [[Eusko Gudarostea]]k ez zuen zergatirik ikusten [[Euskal Herri]]tik kanpo borrokatzekoborrokan jarraitzeko. [[Eusko Jaurlaritza]]ko agintari batzuek esan zutenez, [[Espainiako GobernuaGobernu]]kak ez zien hegazkinik bidali [[Bilboko gudua|Bilbo defendatzeko]]. [[Espainia]]rrek, berriz, erantzuten dute [[Indalecio Prieto]] orduko Defentsa MinistroakMinistro eta Bilboko alkate ohiak hiria defenditzeko nahibeste baliabide eman zizkiela. José Luis de la Granjaren ustetan, [[Indalecio Prieto|Prietok]] [[Ezkerraldea|Ezkerraldeko]] industriak leherrarazteko agindua eman zuenean horieklantegiok frankisten eskutan egon ez zitezen, agindua ez zen [[EAJ]]ko milizianoen gustukoa izan, eta orduan hasi omen ziren bien arteko tirabirak<ref>Jose Luis de la Granja Sáinz: ''"Entre el pacto de San Sebastián y el de Santoña (1930-1937)"'' '''"Historia 16"''' liburuan ([[1998]])</ref>.
Agintariek ez ezik, milizianoek ere arazoak izan zituzten haien artean. Jeltzaleak kontserbadore eta [[Eliza Katoliko Erromatarra|katolikoak]] ziren; errepublikarrak, berrizaldiz, ezkertiarezkerreko [[Sozialismo|sozialistak]], [[Komunismo|komunistak]] edo [[Anarkismo|anarkistak]]. Nahiz eta brigada mistoak sortzeko agindua izan, ez zen hartu-eman handirik haienalderdi desberdinen artean.
