Santoñako hitzarmenaren arrazoiak ez dira osorikerabat ezagunakezagutzen. GehienekGehienen uste duteiritziz, [[Eusko Gudarostea]]k ez zuen zergatirik ikusten [[Euskal Herri]]tik kanpo borrokatzeko zergatiak ez zituela. [[Eusko Jaurlaritza]]renko agintari batzuek esan zuenzutenez, [[Espainiako Gobernua]]k ez zizkielazien hegazkinakhegazkinik bidali [[Bilboko gudua|Bilbo defenditzekodefendatzeko]]. [[Espainia]]rrek, berriz, erantzuten dute [[Indalecio Prieto]] [[bilbo]]tarrak, orduanorduko Defentsa MinistroaMinistroak zena,eta Bilboko alkate ohiak hiria defenditzeko nahibeste baliabide eman zizkiolazizkiela. José Luis de la Granjaren ustetan, [[Indalecio Prieto|PrietorenPrieto]]k [[Ezkerraldea|Ezkerraldeko]] industriaindustriak lehertzekoleherrarazteko agindua eman zuenean horiek frankisten eskutan egon ez zenezzitezen, agindua ez zen [[EAJ]]ko milizianoen gustukoa izan hantxeeta orduan hasi ziren bien arteko tirabirak<ref>Jose Luis de la Granja Sáinz: ''"Entre el pacto de San Sebastián y el de Santoña (1930-1937)"'' '''"Historia 16"''' liburuan ([[1998]])</ref>.
Agintariek ez ezik, milizianoek ere arazoak izan zituzten elkarrenhaien artean. Jeltzaleak kontserbadore eta [[Eliza Katoliko Erromatarra|katolikoak]] ziren,; errepublikar [[espainia]]rrakerrepublikarrak, berriz, ezkertiar [[Sozialismo|sozialista]]k, [[Komunismo|komunista]]k etaedo [[Anarkismo|anarkistak]]. Nahiz eta brigada mistoak sortzeko agindua izan, bienez artekozen tirabirakhartu-eman sarritanhandirik azalduhaien zirenartean.
Hitzarmena ez zen gustukoa inorentzat: errepublikar [[espainia]]rrek bere gudarosteen zati baten saldukeriatzat zuten, jeltzaleek [[Espainiako Bigarren Errepublika|Errepublika]] uzteko negoziazioak ez zuten aintzatetsi nahi eta frankistek ez zuten kanpoko indar armatuak bere kabuz etsaiarekin negoziatu zuela aitortu nahi.
