Erromatarren garaian sortua, Lapurdum izena izan zuen, geroago inguruko lurraldearen izena izatera (Lapurdi) igaroko zena. XI. mendetik aurrera, apezpiku hiri bihurtu zen, Bajonencis elizbarrutiko buru izendatu baitzuten. Baionak goiburua nunquam polluta du (euskaraz, «inoiz ez zikindua»), mendeetan zehar hiribildua setiatzeko izan ziren 14 saiakerak, gutxienez, porrot egin zutelako.
Hasieran (1904) arraun taldea zen (aviron = arraun) baina beranduago taldea beste kirol askoren artean zabaldu zen.
1906.an sortu zen Aviron Bayonnais errugbi taldea eta laister Frantziako errugbi txapelketako handien artean kokatu zen.
